На открытке, выпущенной в 1927 году Газета Кавказская здравница, изображен «Дом инвалидов» на склонах горы Бештау, ранее бывший Старо-Афонским монастырем. Эта открытка стала причиной серьезной ошибки в летописи Кавказских Минеральных Вод, так как многие предположили, что монастырь был закрыт в 1927 году. Однако реальность оказалась более сложной.
В декабре 1918 года Наркомюст РСФСР издал циркуляр, касающийся отделения церкви от государства, в котором местным властям предлагалось рассмотреть возможность использования монастырей для размещения различных социальных и лечебных учреждений. Тем не менее, до Второафонского монастыря эти решения дошли лишь в феврале 1926 года, когда в газете «Правда» появилась информация о планах преобразования монастыря в трудовой городок инвалидов. В связи с этим были проведены ремонтные работы, а к городку присоединили 40 десятин земли.
Несмотря на эти преобразования, монастырь продолжал жить своей обычной жизнью еще некоторое время. В Успенском храме регулярно проводились богослужения, и на крупные церковные праздники сюда приходила публика со всей округи. Одна из местных корреспонденток «Известий» описала атмосферу, царившую в монастыре в начале 1928 года: «Возле церкви раскинулись крестьянские телеги, а подавляющее большинство богомольцев – женщины. Слышны причитания юродивых, нищих, а торгаши работают вовсю, предлагая вино, иконы и ладан». В это время архиерей Дмитрий Тамбовский служил вечернюю, и на службе хор пел из молодежи.
Тем не менее, под угрозой изменений и давлением со стороны властей жизнь монастыря постепенно менялась. В 1930 году Наркомфин СССР выпустил циркуляр «О налоговом обложении религиозных обществ и молитвенных зданий», что привело к ужесточению контроля за церковной деятельностью. Неуплата налогов могла стать причиной конфискации зданий, и вскоре монастырская молочная ферма была изъята и передана в коммуну «Пролетарская воля».
Несмотря на все изменения, монахи продолжали жить на территории монастыря и проводить богослужения. Одну из последних служб возглавил епископ Никифор (Ефимов) в праздник Успения Пресвятой Богородицы 28 августа 1930 года. Однако вскоре епископ подвергся репрессиям, и последовал ряд арестов священнослужителей, связанных с Пятигорской епархией и монастырем.
В обвинительном заключении говорилось о том, что монахи проводили контрреволюционную работу против коллективизации, даже переодеваясь в форму красноармейцев для большей конспирации. В результате многие из них были осуждены и отправлены в лагеря, а здание Свято-Успенского храма было передано под Дом туриста.
С течением времени на территории бывшего монастыря размещались различные учреждения, не имеющие отношения к духовной жизни. После Великой Отечественной войны постройки окончательно пришли в запустение, и к концу XX века от них остались лишь руины, поросшие травой и кустарником.
Однако история имеет свойство повторяться, и сегодня монастырь вновь возрожден. Духовная жизнь здесь возобновилась, возвращаются традиции, а в стенах монастырского музея собирается память о прошлом. Чтятся имена святых, которые подвизались здесь, а мифы и легенды о монастыре постепенно уступают место новым фактам, подтверждающим его важность в истории региона.